الوبائية والفحص الجزيئي لأنواع العطيفة في الانسان والدجاج اللاحم في محافظة كربلاء

رسالة ماجستير

اسم الباحث : تقى طالب عبد العزيز التميمي

اسم المشرف : أ.م. حكمت صاحب الناصر

الكلمات المفتاحية : "16S rRNA 16 Svedberg Ribosomal Ribonucleic Acid APW Alkaline Peptone-Water CadF Campylobacter Adhesin To Fibronectin CDT Cytolethal Distending Toxin CFU A Colony-Forming Unit CPS Capsular Polysaccharides DALYs Disability Adjusted Life

الكلية : كلية الطب البيطري

الاختصاص : الصحة العامة

سنة نشر البحث : 2022

تحميل الملف : اضغط هنا لتحميل البحث

أجريت الدراسة خلال الفترة من كانون الأول (ديسمبر) 2021 إلى تموز (يوليو) 2022 ، لتحديد مدى انتشار أنواع العطيفة ومعدلات الإصابة بأنواع العطيفة في البشر ودجاج اللاحم المذبوحة في نقاط البيع بالتجزئة بكربلاء ، تم جمع حوالي 260 عينة كالتالي: 40 عينة من امعاء الدجاج اللاحم حيث تم جمعها جميعها من الأسواق المحلية المختلفة الموزعة في كربلاء ، كما تم جمع حوالي 40 عينة من آلات إزالة الريش ، 40 عينة ماء شطف الذبيحة ، 40 عينة من الدجاج المجمد المحلي والمستورد بالإضافة إلى : 100 عينة من مرضى الإسهال من مدينة الحسين الطبية ومستشفى الأطفال العام بكربلاء (العراق).

تم استخدام الوسط الناقل Carry Blair في حفظ العينات الى حين زرعها عل الوسط الزرعي الخاص بالعطيفة التي تم إثرائها بنسبة 5-10٪ من دم الانسان، والمكملات الانتقائية للعطيفة ومن ثم حضنها لا هوائيا في درجة حرارة 42 مئوية لمدة 48 ساعة. ظهرت المستعمرة البكتيرية المعزولة على وسط أجار العطيفة الانتقائي على شكل مستعمرات مخاطية صغيرة، وعادة ما تكون رمادية اللون او رمادي كريمي، ومرتفع قليلاً، ورطب، وغالبًا ما ينتج مستعمرات منفصلة، ومسطحة ذات حواف غير منتظمة، وغير انحلالية عند 24 -48 ساعة. تم التأكد من أن 44 عزلة من أصل 260 عينة هي من أنواع العطيفة ذات الأوكسيداز الإيجابي والكتليز والإندوكسيل. تم إخضاع 11 عزلة (من عينتين بشريتين وتسعة من عينة دجاج التسمين) (25٪) من 44 عينة مشتبه بها لتحديد جزيئي Pcr لتأكيد وجود العطيفة كجنس. أظهرت جميع العزلات المفحوصة أنها عطيفة وتم تضخيمها 812 زوجًا من منتجات تفاعل البوليميراز المتسلسل، بينما تعرضت خمس عزلات (9٪) من 44 عينة مشتبه بها إلى تفاعل البوليميراز المتسلسل المتعدد للكشف عن ثلاثة أنواع من العطيفة (C. jejuni و C. coli و C. lari. ) تظهر أربعة من هذه العينات أن هذا الجنس كان بكتريا العطيفية القولونية.
أظهرت النتائج أن نسبة الإصابة بالعطيفة كانت 38 (23.75٪) من 160 عينة. من بين العينات الموجبة، كان عدد العزلات الإيجابية المكتشفة من أمعاء الدجاج 26 عزلة (68.42٪)، بينما كان عدد العزلات المكتشفة من آلات إزالة الريش 4 عزلات (10.52٪). أما عدد العزلات المأخوذة من ماء شطف الذبيحة فكان 5 (13.15٪) وأقل معدل تم تسجيله في الذبائح المجمدة حيث كانت 3 عزلات (7.89٪) موجبة. اتضح أن هناك علاقة ارتباط بين البكتيريا وموقع الإصابة، حيث أظهرت الأدلة زيادة معنوية في الأمعاء عند مقارنتها بآلات إزالة الريش وماء شطف الذبيحة قيمة (p ≤0.01) .

من بين 100 عينة براز ذات أصل بشري، أظهرت النتائج أن نسبة الإصابة بالعطيفة 6 (6٪). بالنسبة لعينات فئة (2 يوم – 5 سنوات) كان معدل الكشف 20٪ بينما 5٪ لعينة (5-10 سنوات) و5٪ لـ (10-15 سنة) من الدراسة الحالية تظهر هذه النتيجة أن هناك علاقة معنوية (قيمة (p 0.05) بين العمر والإصابة بالبكتيريا العطيفة، حيث أظهرت النتائج ارتفاع الإصابات لدى الأطفال دون سن الخامسة، وتناقص معدل الإصابة مع تقدم العمر.

تمت دراسة تأثير درجة الحرارة على بقاء ونمو البكتيريا، وأظهرت النتائج أن درجة حرارة 4 درجات مئوية، وهي درجة حفظ الطعام في الثلاجة، تؤثر بشكل كبير على تقليل عدد البكتيريا وتمنع تكاثر أعدادها. بالإضافة إلى ذلك، أظهرت النتائج أن درجة حرارة 20 درجة مئوية (درجة حرارة الغرفة) عززت زيادة معنوية في عدد البكتيريا.
بالإضافة إلى درجة الحرارة، تم دراسة تأثير درجة الحموضة على البكتيريا. تم اختيار ثلاث درجات من الأس الهيدروجيني لدراسة تأثير التغيير للحوم الذبيحة بعد ساعات من الذبح على بقاء ونمو البكتيريا، حيث وجد أن انخفاض درجة الحموضة يؤثر على نشاط البكتيريا.

Prevalence and Molecular Identification of Campylobacter in Human and Slaughtered Broiler in Kerbala Province

Abstract

A study was done during the period from December 2021 to July 2022 to determine the prevalence of Campylobacter species and their infection rates in humans and slaughtered broiler at Kerbala province. A total of 260 samples were collected as follows: 40 cecal swabs were collected from different local markets distributed in Kerbala, 80 samples from de-feathering machines and carcass rinse water, and 40 samples from local and imported frozen chickens, in addition to, 100 samples from people with diarrhea from Al-Hussain Medical City and General Children’s Hospital at Kerbala (Iraq). Samples were Inoculated immediately onto C&S modified Carry Blair transport media then Cultured on Campylobacter agar enriched with 5-10% blood and Incubated in anaerobic jar for 48 hrs. at 42°C under microaerophilic condition. Campylobacter spp. colony isolated on Campylobacter agar base selective media appeared as small, mucoid colonies, usually grayish in coloration and some have to be creamy grey in color, slightly raised, moist and often produce discrete colonies, flat with irregular edges, and non-hemolytic at 24-48 hours. Forty – four isolates out of 260 samples were confirmed to be Campylobacter species with positive oxidase, catalase and indoxyl. Eleven (two form human sample and nine from broiler sample) isolates (25%) from 44 suspected samples were subjected to molecular identification single PCR for confirmation of Campylobacter as genus. All examined isolates showed to be Campylobacter and were amplified 812 bp PCR products, while Five isolates (9%) from 44 suspected samples were subjected to multiplexed PCR for detection of three species of Campylobacter (C. jejuni, C. coli & C. lari.). Four of these samples show this genus were C. coli.
Results showed that Campylobacter spp. were detected in 38 (23.75%) of 160 samples. Out of the positive samples, the number of positive isolates detected from broiler intestine were 26 (68.42%), while the number of detected isolates from de-feathering machines were 4 (10.52%). However, the number of isolates from carcass rinse water were 5 (13.15%) and the lower rate was reported in frozen carcasses which was 3 (7.89%) positive. It turns out that there is a correlation between the bacteria and the site of infection, where the evidence showed a significant increase in the intestine when compared to De-feathering machines and carcass rinse water (p-value ≤0.01).

Out of 100 stool samples 6 (6%) yielded Campylobacter species on culture. For the category (2day-5years) samples, the detection rate was 20%, while 5% for (5-10 years), and 5% for (10-15 years) From the current study, this result shows that there is a significant (p-value ≤0.05) correlation between age and infection with Campylobacter spp., as the results showed high infections in children under five years of age, and the incidence rate decreases with increasing age.

The effect of temperature on the survival and growth of bacteria was studied, the results showed that the temperature of 4ᵒC, which is the degree of keeping food in the refrigerator, significantly affects the reduction of the number of bacteria and prevents the multiplication of its numbers. In addition, the results showed that the temperature of 20ᵒC (room temperature) promoted a significant increase in the number of bacteria. In addition to temperature, the effect of pH on bacteria was studied. Three degrees of pH were chosen to study the effect of changing the pH of carcass meat hours after slaughter on the survival and growth of bacteria, as it was found that low pH affects the activity of bacteria.